Una vez elegido el tema, y diseñado un proyecto de investigación, el historiador recolecta la información que lo respaldará. Generalmente se toman en cuenta los trabajos de investigación que se han realizado previamente y se proyecta el estudio de nuevas fuentes de información que responden a los problemas, interrogantes y objetivos.
Las llamadas ciencias exactas encuentran las respuestas a sus interrogantes observando directamente su objeto de estudio como el agua, los animales, los números o lo reproducen en condiciones simuladas con experimentos o computadoras. Los investigadores del pasado cuentan pocas veces con esa posibilidad. El historiador estudia el pasado de manera indirecta, mediante fuentes que se utilizan como evidencia o huellas de las acciones humanas.
Tradicionalmente se ha clasificado a las fuentes históricas en primarias y secundarias. Las fuentes primarias dan un testimonio directo sobre un conjunto de acontecimientos históricos, mientras que las fuentes secundarias son descripciones, interpretaciones o comentarios acerca de las fuentes primarias. Una fuente directa para la historia de tu familia es una carta de puño y letra de tu abuelita, mientras que una fuente indirecta es un artículo en el periódico que habla sobre la vida en el pueblo natal de tus abuelos.
Las fuentes históricas son diversas: escritos, vestigios arqueológicos, fotografías, cartas, murales, pinturas, etc. Durante siglos la principal fuente ha sido la fuente escrita –diarios, inscripciones, monografías, edictos, códices- pero gracias al progreso científico en las ciencias exactas y sociales, éstas se han ampliado con fuentes no escritas como testimonios orales, restos arqueológicos, estudios botánicos, estudios del ADN…
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Un investigador jamás presupone que las fuentes que obtiene para estudiar el pasado sean genuinas o fidedignas. Evaluar y valorar las fuentes es una de las tareas fundamentales del historiador. Él tiene que distinguir si las fuentes que se le presentan son relevantes o irrelevantes para su investigación. Además debe estar consciente de los alcances, contradicciones y vacíos que representan las fuentes.
El análisis de las fuentes requiere de metodologías y conocimientos específicos; un historiador que quiere analizar la relación entre los mexicas y los pueblos conquistados debe conocer obligatoriamente el Náhuatl antiguo para poder leer las fuentes escritas, conocer el lenguaje visual para leer fuentes iconográficas y apoyarse en estudios arqueológicos diversos. Además debe ser capaz de fechar las fuentes y detectar falsificaciones.
Como científico, el historiador evalúa los datos obtenidos de las fuentes, los analiza e investiga su autenticidad. Comprueba la información con base en múltiples fuentes independientes y evita tomar conclusiones a partir de una sola fuente o perspectiva. Uno de los elementos de la cientificidad de la Historia radica en la evaluación de la información con métodos precisos.