La conquista militar
Después de la derrota del estado mexica, las campañas militares de conquista, tanto de Hernán Cortés como de sus capitanes, se extendieron entre 1521 y 1525, a la zona central, norte y sur del actual territorio mexicano, así se fueron estableciendo gradualmente los límites de la Nueva España.
El propio Hernán Cortés que se dirigió a Honduras y California; Francisco de Garay tratando de conquistar el Pánuco; Gonzalo de Sandoval hacia Coatzacoalcos; Luis Marín a Oaxaca y Chiapas; Cristóbal de Olid hacia Michoacán y Colima y posteriormente hacia Honduras; Pedro de Alvarado se adentró hasta Guatemala; Nuño Beltrán de Guzmán hacia Michoacán y Nayarit; Francisco de Montejo hacia Yucatán; Alvar Núñez Cabeza de Vaca por Florida, Texas, Sonora y Sinaloa, entre otros muchos expedicionarios.
Para establecer el dominio español en los pueblos conquistados impusieron tributos y servicios a los indígenas y se dictaron ordenanzas para someter a los nativos al conocimiento de la fe cristiana, acudieron a la encomienda y otras instituciones del gobierno español, dando inicio al proceso de colonización y de apropiación de la tierra, iniciando el virreinato de la Nueva España. Así, al finalizar el siglo XVI, surgió un nuevo orden un mundo diferente en el actual territorio mexicano.
La conquista espiritual
La conquista espiritual se dio casi a la par que la conquista militar, realizada por las órdenes mendicantes los franciscano llegaron a México en 1523 los primeros Juan de Ahora, Juan de Tecto y Pedro de Gante, en 1526 los dominicos, los agustinos en 1533 y los jesuitas en 1572. Siguiendo a los conquistadores, todas las órdenes se expandieron por el territorio, establecieron iglesias, escuelas y hospitales para atender a los indígenas. Se dedicaron a instruir a los niños indígenas para convertirlos a la religión católica para que ellos a su vez rompieran las creencias “paganas” de sus padres, aprendieron las lenguas autóctonas y adaptaron la religión católica a éstas lenguas, en especial al náhuatl y pocos de ellos se convirtieron en los defensores de los indígenas ante los malos tratos y la explotación de los españoles.
En 1523 llegaron los frailes de las órdenes mendicantes (franciscanos, dominicos y agustinos) que contribuyeron a la consolidación del orden colonial. Los frailes tuvieron como misión, el proceso de cristianización e hispanización de los indígenas, para ello destruyeron todo rastro de su antigua religión, aprendieron sus lenguas, hicieron gramáticas y vocabularios, construyeron iglesias, hospitales, conventos, escuelas, bautizaron, predicaron y pocos de ellos defendieron a los indios de los malos tratos de los españoles. Llevando a cabo una conquista ideológica, imponiendo nuevas creencias a los pueblos sometidos para evitar que se rebelaran en contra de los conquistadores.
Fundaron una primera escuela en Texcoco en 1526 y otra en Tlatelolco, en ellas enseñaban catecismo, escritura, lectura música, artes y oficios. Para implantar la religión acudieron a diversos métodos como: el dibujo, el canto, el teatro, la música, el buen ejemplo, la pobreza y el trabajo.
Estudiaron y conservaron las lenguas autóctonas, tradujeron a las lenguas indígenas los principales textos del cristianismo. Centraron su trabajo en los jóvenes y los niños, con la certeza de que el indígena es el mejor instrumento para convertir al catolicismo, era el propio indígena. Los misioneros ensayaron diversos métodos de evangelización, contaron con el apoyo de los encomenderos, para su sustento dependieron del tributo, difundieron diversas prácticas religiosas como el bautismo, la asistencia a misa, el culto a los santos, normas cristianas para la sexualidad y el matrimonio.